Tras la conversión a consolas de Street Fighter Zero 3, se le añadieron diversas mejoras. Nuevas barras de ISM y nuevos personajes, con sus respectivas músicas y sus respectivos escenarios. Ésta actualización de Street Fighter Zero 3 recibió el nombre de Saikyo Dojo en Dreamcast y tras ser convertida a arcades fue nombrada Upper. También la conversión a GameBoy Advance recibiría éste nombre.

El juego es el mismo que la versión anterior pero recibe a Guile, DeeJay, Balrog, FeiLong y T.Hawk.

M.Bison ha construído un ingenio tecnológico terrible, el Psycho Drive, un enorme generador de Psycho Power que puede ser usado como arma así como potenciador para M.Bison. Bison nunca había sido tan poderoso, pero cada vez que usa el Psycho Drive su cuerpo se resiente, y ya está al límite de ser destruído.

Bison es consciente de ello y lleva preparando tiempo un nuevo cuerpo al que transferir su alma cuando no pueda seguir ocupando su cuerpo. Una copia femenina que clona su ADN de forma exacta, conocida como Cammy. Pero ocurre algo inesperado, Cammy, que estaba alienada por M.Bison, va recobrando su propia personalidad poco a poco y al final escapa a su control. Bison envía a Vega a recuperarla para que no haya problemas en su reencarnación, pero no consigue recuperarla. Ante el fracaso M.Bison envía a Juni, una de sus muñecas, a capturar a Cammy. Sin embargo pasa lo contrario, y es Cammy quien consigue salvar a Juni, que a partir de ahora tratará de ayudarla a escapar de su control.

Dando por perdida a Cammy, Bison se dispone a capturar el mejor cuerpo al que trasladar su alma posible. Su objetivo será Ryu, al que finalmente consigue capturar y someter al control y alienación del Psycho Drive. Ryu desata poderes escondidos por culpa del Psycho Power. Al final Sagat se enfrenta a él, y al debilitarlo tras su derrota, la voluntad de Ryu quiebra el control al que el Psycho Power le tenía sometido y se libera.

Por su parte, Charlie Nash fue a por M.Bison, dispuesto a acabar con él. Guile le advirtió que no fuese él sólo, pero al final se fue, y Guile tuvo que ir detrás. Finalmente Charlie y Guile consiguen acabar con el Psycho Drive y con M.Bison, pero durante el transcurso de la lucha final Nash pierde la vida. Bison también es destruído, pero en el último momento consigue traspasar su espíritu al cuerpo de Rose.