El juego está construído sobre el mismo motor que movía a Alpha 2, sin embargo, se ha cambiado el sistema de juego. Ésta vez podemos elegir entre tres modos de juego, X-ism, Z-ism y V-ism. Z-ism (A en Europa) es el sistema Zero, que sigue igual que el que teníamos en Alpha 2. Seguiremos con una barra de especiales de tres piezas. X-ism es el sistema de Super Street Fighter II X, o turbo. En éste sistema hay sólo una barra de super pero éste es más poderoso. Y por último el sistema V-ism, cuya V significa variable.

Tenemos una gran cantidad de escenarios nuevos, la mayoría auténticamente magníficos, de lo mejores que se hicieron en 2D. También se añaden algunos personajes clásicos a la plantilla que heredamos de Street Fighter Zero 2. Así, vemos por primera vez en la saga Alpha a E.Honda, Blanka, Vega, Cody y Balrog. Además se incluyen nuevos personajes, originales en ésta versión, Juni y Juli, dolls de M.Bison, Karin, la amiga rica de Sakura, y R.Mika, una wrestler que idealiza a Zangief.

Por último se remodela también toda la banda sonora. Por primera vez se cambia el estilo y los temas, que ya no son los clásicos. Todos los personajes reciben un nuevo tema musical, de un estilo más techno.

Un juego redondo, que ponía a gran nivel a la saga Zero, que ya había tocado un techo muy alto en la segunda edición.

Street Fighter Zero 3 se vería más tarde revisionado en su adaptación a consolas, y años más tarde recibiría una nueva actualización al pasar a portátiles.

M.Bison ha construído un ingenio tecnológico terrible, el Psycho Drive, un enorme generador de Psycho Power que puede ser usado como arma así como potenciador para M.Bison. Bison nunca había sido tan poderoso, pero cada vez que usa el Psycho Drive su cuerpo se resiente, y ya está al límite de ser destruído.

Bison es consciente de ello y lleva preparando tiempo un nuevo cuerpo al que transferir su alma cuando no pueda seguir ocupando su cuerpo. Una copia femenina que clona su ADN de forma exacta, conocida como Cammy. Pero ocurre algo inesperado, Cammy, que estaba alienada por M.Bison, va recobrando su propia personalidad poco a poco y al final escapa a su control. Bison envía a Vega a recuperarla para que no haya problemas en su reencarnación, pero no consigue recuperarla. Ante el fracaso M.Bison envía a Juni, una de sus muñecas, a capturar a Cammy. Sin embargo pasa lo contrario, y es Cammy quien consigue salvar a Juni, que a partir de ahora tratará de ayudarla a escapar de su control.

Dando por perdida a Cammy, Bison se dispone a capturar el mejor cuerpo al que trasladar su alma posible. Su objetivo será Ryu, al que finalmente consigue capturar y someter al control y alienación del Psycho Drive. Ryu desata poderes escondidos por culpa del Psycho Power. Al final Sagat se enfrenta a él, y al debilitarlo tras su derrota, la voluntad de Ryu quiebra el control al que el Psycho Power le tenía sometido y se libera.

Por su parte, Charlie Nash fue a por M.Bison, dispuesto a acabar con él. Guile le advirtió que no fuese él sólo, pero al final se fue, y Guile tuvo que ir detrás. Finalmente Charlie y Guile consiguen acabar con el Psycho Drive y con M.Bison, pero durante el transcurso de la lucha final Nash pierde la vida. Bison también es destruído, pero en el último momento consigue traspasar su espíritu al cuerpo de Rose.