Un nuevo Mortal Kombat se acerca. Esta vez el emperador ha decidido hacerse él mismo cargo del asunto, para evitar que se vuelvan a cometer errores como el de Shang Tsung en la anterior edición, y de paso, al ganar él el torneo , conquistar el reino de la tierra. Para evitarlo, ha vuelto el campeón del anterior torneo, Liu Kang. Tambien vienen a acompañar a Liu Kang, Johnny Cage, el actor de Hollywood; Kung Lao, compañero de Liu Kang en Shaolin; Kitana, la hija del emperador legítimo del mundo exterior; Raiden, el dios del trueno que vuelve a ayudar a los luchadores de la tierra; y Jax, que viene a rescatar a Sonya de Liu Kang. Tambien estan en el torneo Reptile, que quiere capturar a Kitana por ordenes de Kahn, Mileena, que viene a lo mismo que Reptile; Baraka, más de lo mismo; y Shang Tsung, que ha rejuvenecido y recuperado su alma gracias al emperador para vengarse de la humillación sufrida ante Liu Kang. Tambien han vuelto Scorpion, que extrañamente ha vuelto del mundo de los muertos para vengarse de Sub Zero, y este, que en realidad resulta ser su hermano pequeño.
Después de vencer a todos los luchadores, Liu Kang llega a la batalla contra Shang Tsung, y otra vez lo consigue vencer, aunque no sin grandes esfuerzos. Cuando va a enfrentarse al próximo rival, en un principio le parece que Goro ha vuelto, pero no es él, sinó Kintaro, otro grandullón de la misma especie de Goro. También se pelea contra él y le logra ganar, pero aún le queda la lucha más complicada, la lucha que decide el futuro del reino de la tierra.
Se dirige a la guarida de Shao Kahn, y allí el emperador le esta esperando convencido de su victoria. Enseguida se ponen a luchar, y tras una larga pelea, muy igualada, en que cualquiera de los dos pudiera haber dado muerte al otro en cualquier despiste, Liu Kang logra asestar un golpe a Shao Kahn que lo dejo fuera de combate. Mortal Kombat 2 a terminado, pero una nueva amenaza se cierne sobre el reino de la tierra...
