Este Mortal Kombat es muy diferente de Mortal Kombat II. Resalta sobre todo la ausencia de los clásicos ninjas, aunque podemos encontrar como luchador secreto a Noob Saibot y Sub-Zero aparece pero sin su clásico uniforme. Tambien se hecha en falta a Scorpion, que és como si dejaras a King of Fighters sin Iori o sin K'. En el aspecto gráfico, el juego mejoro mucho, y són de los mejores gráficos que se pudieron ver en las 16 bits. La jugabilidad tambien estaba aumentada, gracias a por ejemplo los cambios de escenario que conseguías haciendo un uppercut, o la gran cantidad de combos. Aunque si lo comparamos fríamente con anteriores versiones de Mortal Kombat, este seguro que sale perdiendo.

Shao Kahn, ya harto de fracasar en sus intentos por conquistar el reino de la tierra a travès de los torneos Mortal Kombat, está dispuesto a utilizar un plan que se lleva fragüando 10.000 años. Cuando Shao Kahn conquistó el Outworld, el antiguo emperador tenía una reina llamada Sindel y una hija llamada Kitana. Pero al morir el emperador, Shao Kahn se quedó como su reina a Sindel. Al poco tiempo Sindel tuvo una muerte misteriosa. Ahora, gracias a varios brujos a las órdenes de Shao Kahn, entre ellos Shang Tsung, han logrado que Sindel resucite, pero no en el Outworld, sinó en la tierra. Esto le da derecho a Shao Kahn a ir al reino de la tierra a reclamar a su reina. Cuando Shao Kahn va a la Tierra se trae a todos sus ejércitos y no tarda en conquistar todo el reino de la Tierra y las almas de todos sus habitantes, excepto los elegidos para el siguiente torneo Mortal Kombat.

Por otro lado, el clan ninja Lin Kuei para evitar que roben las almas a sus ninjas, a convertido a todos en robots carentes de almas, pero Sub-Zero, que no estaba de acuerdo con esto, escapó. Ahora el Lin Kuei ha enviado a dos de sus robots ninjas a aniquilar a Sub-Zero para recuperar el nombre del clan.

Esta vez, los ejércitos están dirigidos por un minotauro, Motaro, de la raza rival de los Shokan como Goro. Esto ofende a Sheeva, la guardaespaldas de Sindel en la tierra, y hace que ella se rebele contra Kahn. Esto debilita mucho la posición de Shao Kahn, y gracias a ello, Liu Kang es capaz de vencerle en otro combate épico, como en las dos anteriores ediciones.