Ultimate Mortal Kombat 3, lo que inicialmente era un parche para corregir los grandes fallos que tuvo Mortal Kombat 3, pero que al final resultó dar un juego casi nuevo. Esta versión mejorada contaba con el doble de escenarios nuevos, 5 más, y 9 personajes nuevos, más Human Smoke que era el luchador secreto. Gráficamente seguía siendo igual a Mortal Kombat 3, como también sigue siendo igual el aspecto sonoro. En el aspecto jugable, además de añadir nuevos personajes, se han añadido nuevas tecnicas, y un nuevo 2 nuevos tipos de golpes finales que se unen a los ya clasicos babality, friendship, pit y Fatality, estos 2 són el Animality donde el luchador se convierte en animal y destroza a su oponente, y el Brutality, que consiste en golpear al enemigo hasta destrozarlo y convertirlo en carne picada ;) En fin, que lo que le faltó principalmente a Mortal Kombat 3 fueron Sub Zero y Scorpion, pero aquí intentaron solucionar el problema poniendo ninjas de todos colores y además, era sólo un add on. Pero lo que está claro es que UMK3 es lo que tuvo que haber sido Mortal Kombat 3...

Shao Kahn, ya harto de fracasar en sus intentos por conquistar el reino de la tierra a travès de los torneos Mortal Kombat, está dispuesto a utilizar un plan que se lleva fragüando 10.000 años. Cuando Shao Kahn conquistó el Outworld, el antiguo emperador tenía una reina llamada Sindel y una hija llamada Kitana. Pero al morir el emperador, Shao Kahn se quedó como su reina a Sindel. Al poco tiempo Sindel tuvo una muerte misteriosa. Ahora, gracias a varios brujos a las órdenes de Shao Kahn, entre ellos Shang Tsung, han logrado que Sindel resucite, pero no en el Outworld, sinó en la tierra. Esto le da derecho a Shao Kahn a ir al reino de la tierra a reclamar a su reina. Cuando Shao Kahn va a la Tierra se trae a todos sus ejércitos y no tarda en conquistar todo el reino de la Tierra y las almas de todos sus habitantes, excepto los elegidos para el siguiente torneo Mortal Kombat.

Por otro lado, el clan ninja Lin Kuei para evitar que roben las almas a sus ninjas, a convertido a todos en robots carentes de almas, pero Sub-Zero, que no estaba de acuerdo con esto, escapó. Ahora el Lin Kuei ha enviado a dos de sus robots ninjas a aniquilar a Sub-Zero para recuperar el nombre del clan.

Esta vez, los ejércitos están dirigidos por un minotauro, Motaro, de la raza rival de los Shokan como Goro. Esto ofende a Sheeva, la guardaespaldas de Sindel en la tierra, y hace que ella se rebele contra Kahn. Esto debilita mucho la posición de Shao Kahn, y gracias a ello, Liu Kang es capaz de vencerle en otro combate épico, como en las dos anteriores ediciones.