Tras dos años sin Fatal Fury nos llegaba ésta nueva versión, donde se estrenaba en SNK un equipo recién fichado de Capcom con cierto peso en Street Fighter 2. Esta tercera versión no tiene nada que ver con la 2ª parte, gráficos muy mejorados, una banda sonora buena... y el retorno de Geese. También en este juego hacen su primera aparición personajes que más tarde tendrán mucho que decir en las sagas King of Fighters y Real Bout, como Blue Mary o Ryuji Yamazaki. Quizá el único fallo que tiene el Fatal Fury 3 es la escasez de personajes, aunque con un truco tambien se hacen seleccionables Ryuji, Jin Chon Rei y Jin Chon Shu. En fin, para los fans del Garou Densetsu fue una gozada, para los demás, también.

Después de que Geese cayera por el balcón del Geese Tower y muriera, dos misteriosos hermanos tomaron la ciudad de Southtown. Pero lo que no sabían era que Geese no había muerto. Estuvo un tiempo a la sombra de todo lo que ocurría esperando a estar recuperado. Su espera ha llegado a su fin, y ahora está dispuesto a recuperar todo lo que le quitaron. Pero no sólo está dispuesto a recuperar su imperio, sino que ahora además quiere unos extraños rollos que contienen la llave a un gran poder. Sabe que Ryuji Yamazaki, un asesino que vivía en Japón y que ahora estaba capturado estaba relacionado con este extraño poder de alguna manera, así que también decide liberarlo. Pero para que Geese pueda volver a recuperar su poder y conseguir los rollos primero tiene que derrotar a todos los que están interesados en que no vuelva al poder. Se tendrá que enfrentar a viejos enemigos como Terry y Andy Bogard, Kim Kaphwan, Joe Higashi o Mai Shiranui. Aunque también hay nuevos personajes, como Bob Wilson, el camarero del Paopao Cafe 2 recien inaugurado por Richard Meyer, Blue Mary, que como agente secreto del servicio secreto británico viene a vigilar a Yamazaki, Hon-Fu, otro agente secreto que viene a vigilar a Yamazaki, pero éste viene de Korea, Franco Bash, un ex-luchador de Kick Boxing que viene a derrotar a Geese presionado por una banda de mafiosos y Mochizuki Sokaku, que pertenece al clan ninja rival de los Shiranui. Finalmente Geese consigue derrotar a los hermanos Jin, Jin Chon Rei y Jin Chon Shu y consigue recuperar el poder que había tenido siempre sobre Southtown.