Este juego no tiene historia, es más bien una especie de conjuntos de vendettas personales entre los personajes. Pero en él se explica más o menos la historia que quedó difusa al final de la primera parte. Bastante tiempo antes de disputarse el torneo Fatal Fury, asesinaron a la mujer de uno de los luchadores más fuertes de todo Southtown, Takuma Sakazaki. Tenía dos hijos a los que alimentar, pero su testarudez para averiguar quien había sido el asesino de su mujer le asediaron de deudas. Cuando ya no sabía lo qué hacer, recibió la visita de un joven que estaba intentando adueñarse de Southtown. Pero este hombre tenía un problema para conseguirlo, su mayor rival y excompañero en la escuela de artes marciales, Jeff Bogard, se lo impedía. Geese, era Geese, fue a pedirle a Takuma que se enfrentara y matara a Jeff Bogard, ya que él no se podía arriesgar a perder contra Jeff pues no era segura su victoria frente a un esplendido luchador como él. Takuma rechazó la oferta, ya que por mucho dinero que le ofrecieran, no podía matar a una persona; y menos todavía a Jeff Bogard, una persona tan respetada por él. Geese se enfadó mucho, y envió a su mano derecha por aquel entonces, Mr.Big, a darle una buena lección. Más tarde, Geese mataría de varios disparos él mismo a Jeff Bogard, delante de sus hijos Terry y Andy, pero eso es ya, otra historia. Entonces, Mr.Big para vengarse de la negativa de Takuma, secuestro a su hija, y le dijo a Takuma que si no peleaba a muerte contra su hijo la mataría. Su hijo Ryo y su alumno Robert, se pusieron a buscar a los desaparecidos Yuri y Takuma. Finalmente Robert rescató a Yuri y cuando Ryo estaba a punto de matar a Mr. Karate, o sea, Takuma con una máscara para que no le reconocieran, aparecieron Robert y Yuri y pararon el combate. Y ese es el principio de la historia de los juegos SNK.
