A finales de 2011 llegaba a PlayStation 3, Xbox 360 y PSP una actualización del exitoso Marvel vs Capcom 3.

La mayor diferencia respecto a su edición anterior es la incorporación de 12 personajes nuevos: Ghost Rider, Hawkeye, el Doctor Extraño, Iron Fist, Nova, Rocket Rackoon, Firebrand, Strider Hiryu, Nemesis, Vergil, Phoenix Wright y Frank West. También se le añaden nueve escenarios nuevos, que son versiones alternativas de los que ya existían en la primera edición del juego.

También se incluyen en ésta edición varios modos nuevos de juego: el modo expectador, el modo Galactus, donde podemos jugar al modo arcade llevando a Galactus, y modo Héroes y Heraldos, donde jugaremos eligiendo cartas que darán distintas habilidades.

Por lo demás, el juego sigue igual que la primera versión, con algunos cambios y ajustes jugables y retoques a los otros personajes.

El Doctor Muerte ha estado trabajando en una forma de conquistar el mundo... cuando, de repente, pudo contactar con Albert Wesker de un universo diferente. Los dos se aliaron con muchos villanos importantes de cada universo para fusionar los dos universos. y conquistarlos.

Una semana después, un Lobezno acaba de derrotar a su archienemigo, Dientes de Sable, en el universo de Muerte; mientras Ryu había terminado de entrenar con su mejor amigo, Ken, en el universo de Wesker. De repente, ambos sintieron un terremoto en sus respectivos universos y se encontraron sorprendidos. Descubriendo que sus universos se fusionaban y creyendo que eran la causa de esta catástrofe, lucharon entre sí. Acto seguido Lobezno es ayudado por otros tres héroes y antihéroes de su dimensión: Ironman, La Masa y Masacre; mientras que Ryu es ayudado por tres luchadores de su universo: Morrigan, Chris y Dante. De repente, Muerte y Wesker se revelan y revelan sus intenciones a los héroes y luchadores. Para detener esta amenaza, Lobezno, Ryu y muchos otros de sus universos luchan contra los villanos en un torneo para determinar el destino de dos mundos. Si los villanos ganaran, los dos universos se fusionarían y conquistarían. Si los Héroes y los Antihéroes ganaran, ambos universos volverían a estar separados.

Pero poco saben los luchadores de que estas acciones pueden despertar a una amenaza que podría destruir ambos universos...