Esta versión se parece bastante a la primera parte, con unos diseños de los personajes muy parecidos, pero, un poco mejorados. El gran cambio en relación a la primera parte viene dado por el aumento de los ataques de energía. Si en la primera versión sólo habían 2 por personajes aquí hay muchas más, y también aparece una superespecial. También podemos elegir a un personaje secreto, el árbitro Kuroko, algo nuevo en los Samurai Shodown. El sonido es casi tan bueno como en la anterior versión, y además, aquí hace su primera aparición el carismático Genjuro Kibagami.

El malvado espíritu de Mizuki ha hecho un pacto con Ambrosia para convertirse en un demonio inmortal. El espíritu ocupó el cuerpo de Bizuki, una sacerdotisa con poderes sobrenaturales que intentó juntarse con Mizuki para usar sus poderes para el bien, pero su táctica fallo. Ahora Mizuki es mucho más fuerte, y su objetivo és juntar las dos piedras sobrenaturales, Palenke y Tonjil, para abrir al mundo las puertas de los demonios. Pero los héroes que derrotaron al espíritu de Amakusa han vuelto para acabar con Mizuki, y no sólo ellos, sinó tambien nuevos luchadores están dispuestos a hacerle frente. Han vuelto Haohmaru, Senryo Kyoshiro, Jubei, Hanzo, Ukyo, Nakoruru, Gen-an, Earthquake, Charlotte, Wan Fu y Galford. Pero también han venido nuevos personajes, Genjuro Kibagami, que quiere vengarse de la ofensa de su maestro al elegir como alumno a Haohmaru y no a él, Cham-cham, la hermana pequeña de Tam-Tam, Caffeine Nicotine, maestro de Haohmaru y que en otros tiempos el destruyó a los espíritus, Sieger, un soldado prusiano, y Kuroko, que aparte de arbitrar a vuelto a luchar contra los espiritus como años atrás hizo junto a Nicotine.

Mientras Haohmaru esta persiguiendo el camino hacía Mizuki, esta se le aparece y le está a punto de quitar el cuerpo, pero entonces aparece Amakusa, que tiene dentro el alma de Shinzo, el hijo de Hanzo, y se sacrifica por él. Entonces el cuerpo de Shinzo se recupera al fin, pero el alma está en el mundo de los demonios, y Mizuki tendrá que morir para que su alma pueda volver. Finalmente, y después de vencer a todos sus contrincantes, Haohmaru llega hasta Mizuki, pero ésta ya ha juntado las dos piedras. Haohmaru está obligado a volver a ganar o los demonios invadirán el mundo. Después de una dura lucha Haohmaru derrota a Mizuki y su malvado perro, pero él está muy malerido, tendido en el bosque. De pronto aparece Genjuro para aprovecharse del lamentable estado de Haohmaru y cobrarse su venganza mátandolo, pero entonces aparece Oshizu (el amor imposible de Haohmaru) y le pide por favor a Genjuro que no mate a un hombre debilitado. Genjuro después de meditarlo, acepta, pero avisa de que si la muerte no le llega ahora le llegará en su próximo encuentro. Entonces Haohmaru le da un beso a Oshizu, pero aún diciendole que la quiere mucho, le explica que en la vida del samurai, no hay ningún rincón para el amor. Mientras tanto, Kenzo y Kaede, hijo y mujer de Hanzo, han recuperado el cuerpo de Shinzo y ésta última recurre a un exorcismo para recuperar su alma. Entonces Kaede cae muerta en el suelo, y Shinzo, por fin, despierta. En ese momento llega Hanzo, y viendo a su mujer tendida en el suelo, les explica que la vida de ninja es dura, pero que tienen que seguir adelante, y algún día llegarán a superarle.