Project Justice, pese a salir sólo un año después del primer juego, era un juego ya adaptado a la siguiente generación de consolas, corriendo sobre Dreamcast y Naomi, ambas plataformas de Sega. Las diferencias gráficas son evidentes y notables, donde por fin los personajes están bien definidos y empieza a tener sentido el utilizar un entorno tridimensional. Algunos de ellos han sido rediseñados, como la magnífica Akira, que se ha quitado el casco de motera y ahora tiene un espectacular y desafiante diseño.

También los escenarios han mejorado mucho. La viveza de los colores de Dreamcast se une a los paisajes cotidianos japoneses en los que luchan los combatientes para dar una sensación de alegría y de vida que casa muy bien con el resto del juego.

La música del juego es muy de la factoría Capcom, con ritmos vivaces y rockeros. Aunque no es una banda sonora mítica sí que raya a gran altura.

En cuanto a la jugabilidad del juego, es parecida a la de la primera edición. Es amable al tacto y eso hace al juego cómodo de jugar. Los combates siguen siendo entre dos luchadores, pero ésta vez podemos elegir a los tres integrantes de nuestra escuela, de los que elegiremos a dos antes de cada uno de los combates, que ésta vez serán jugables en una serie de dos modos. El primero es el modo historia, similar al primer juego, donde entre combates iremos siguiendo un guión donde se irá desgranando el argumento del juego. El otro es el modo Free, nuevo en ésta edición, que es más similar a un modo arcade clásico y donde iremos encajando combates sin más intermedios.

Todo unido nos ofrece un juego que mejoraba a su anterior en todos los aspectos, y que convertía en mítica una saga que si bien no consiguió gran relevancia, sí dejó un poso entrañable en todos aquellos que lo jugaron. Es una lástima que tras éste juego no hayan habido más ediciones, con Project Justice se cerró la saga y desde entonces no volveríamos a ver a sus personajes nunca más salvo algún ligero cameo en juegos posteriores.

Ha pasado un año desde los eventos de Rival Schools: United By Fate y las cosas han vuelto a la normalidad en la ciudad de Aoharu. Batsu Ichimonji, Hinata Wakaba, Kyosuke Kagami y el resto de los combatientes habían reanudado sus vidas normales en la escuela y todos habían disfrutado de la paz tranquila que surgió después de su última aventura, pero la paz en sí misma no dura mucho y por eso los luchadores pronto se verían involucrados en una nueva lucha.

Kurow Kirishima es un asesino ninja de corazón frío y despiadado de un misterioso grupo conocido como la "Sociedad Inversa". Tiene su vista puesta en la familia Imawano y planea eliminarlos a ellos y a sus aliados para avanzar sus ambiciones de gobernar Japón. Con este fin, ataca a Raizo Imawano: el director del Instiuto Justice y padre de Batsu, para sacarlo de la comisión y no tener ninguna interferencia suya. En segundo lugar, envía tanto a su hermana mayor, Yurika Kirishima, como a su leal subordinado, Momo Karuizawa, a las filas de los combatientes para que los dos puedan causar tensión y desconfianza entre los amigos. Su tercer plan incluye lavarle el cerebro al líder de la banda de Gedo, Daigo Kazama, para que pueda ordenar que obligue a su pandilla a atacar varias escuelas para causar aún más tensión. Por último, el propio Kurow planea destruir la reputación de Batsu disfrazándose de una imitación de Batsu (llamado Vatsu) para que pueda atacar a los guerreros y hacerles creer que Batsu está detrás de él.

Batsu y sus amigos deben luchar contra la trama malvada de Kurow e intentar que su amistad no sea destruida por la conspiración de un asesino ninja mortal.