Un año después de la salida de Capcom vs SNK aparecía una edición mejorada del juego, que incorporaba algunas mejores de la segunda edición que ya se estaba haciendo, corregía algunos bugs del juego y ajustaba ligeramente la jugabilidad. Además, se añadían dos nuevos personajes a la plantilla. Joe Higashi y Dan Hibiki se unían al juego.

En el año 2000, dos de las organizaciones mundiales más poderosas del mundo, Robert Financial Clique (Robert Garcia) y Masters Foundation (padre de Ken), planean llevar a cabo una competición de artes marciales. Se espera que este evento mejore la situación política entre estas dos potencias. Una gran cantidad de renombrados especialistas en artes marciales se ha inscrito en el torneo. La poblacion mundial presta toda su atención a las próximas exhibiciones. La largamente esperada ceremonia de inauguración es todo un exito. Nadie advierte las señales de la inminente crisis...

Todos los contrincantes lucharon con todas sus fuerzas para demostrar cuál de las dos organizaciones era la mejor, además de demostrar quien es el más fuerte del mundo. Pero habían dos de ellos que no estaban aquí para defender el honor a la organización, si no que tenías sus propios planes oscuros. M.Bison, de sobra conocido en todo el mundo como el terrorista más importante de la historia, estaba aquí para conseguir más poder para su Psycho Power, robando la energía a sus contrincantes en los combates en su base de Tailandia. El otro, Geese Howard, ha venido atraído por la participación de Yamazaki, para buscar su sangre de Orochi. Es el equipo de Terry Bogard y Ken Masters que tras descubrir los oscuros planes de Geese Howard van a Geese Tower a enfrentarse con él, en lo alto de un rascacielos. Tras horas de lucha, y despues de que Ken cayese derrotado por la increíble fuerza que ha conseguido Geese con su estilo de lucha. Pero es otra vez Terry Bogard, desde lo alto del Geese Tower, quien consigue conectar un certero golpe sobre Geese Howard, haciendo caer a este por el balcón hacía el vacío.

Mientras tanto, es M.Bison, que viendo la gran facilidad con la que el equipo de Kyo y Ryu van pasando las rondas, decide retarles en su base para conseguir su energía. Pero para ir abriendo boca, Balrog aparece para luchar con ellos. Tras derrotarlo Kyo, se enfrenta a M.Bison. Kyo que ya estaba herido del combate con Balrog, pierde con Bison, pero le deja importantes heridas. Es ahora Ryu quien pelea contra él. Después de una cruel lucha, Ryu conecta un golpe a Bison, que le deja derrotado. Pero Bison amenaza diciendo que ha perdido, pero que queda tiempo para alimentar su Psycho Power, y que todo esto no ha acabado.

Con las ausencias de estos dos equipos en el torneo, este ha acabado. Al final el equipo campeón es el formado por los luchadores Joe Higashi y Dan Hibiki. Tras una hermosa ceremonia són condecorados como campeones.