Continuum Shift 2 llegaba a los arcades japoneses a finales de 2010 e incluía a los personajes que habían aparecido vía DLC en las versiones de consola del juego: Makoto, Valkenhayn y Platinum.

Además de los personajes y sus respectivos escenarios y temas musicales, la jugabilidad del juego se ha calibrado y corregido, y al juego se le incluye un opening nuevo.

ν-13 ha sido derrotada y Noel ha salvado a Ragna de caer al caldero de Kagatsuchi, cambiando la historia y poniendo fin al ciclo infinito en el que el mundo estaba enfrascado.

Huyendo de lo más profundo de la ciudad jerárquica, cada uno de los personajes va a tratar de abrirse camino en ésta nueva historia, sin embargo, la sombra del recién liberado Yuuki Terumi amenaza el futuro del mundo. Pero alguien más acecha, aliado a Terumi en un oscuro plan para acabar con los mismos dioses.